Kesinlikle. mNGS (metagenomik yeni nesil dizileme) teknolojisi, geleneksel test yöntemlerine göre en önemli avantajlarından biri olan hem DNA hem de RNA'yı aynı anda tespit edebilir. Hem DNA hem de RNA patojenleri için bu test kombinasyonu genellikle mNGS (DNA patojenleri için) + RNA-Seq (RNA patojenleri için) olarak adlandırılır ve klinik uygulamada genellikle topluca "patojen metagenomik dizileme" olarak anılır.

Aşağıdakiler, ilkelerini, avantajlarını ve uygulama senaryolarını ayrıntılı olarak açıklamaktadır:

1. DNA ve RNA'nın birlikte tespiti nasıl sağlanır?

Birlikte tespit, bir numuneyi bir makineye atmakla ilgili değildir; özel bir laboratuvar süreci gerektirir:

Numune nükleik asit ekstraksiyonu: İlk olarak, klinik numunelerden (kan, beyin omurilik sıvısı ve bronkoalveoler lavaj sıvısı gibi) özel bir ekstraksiyon kiti kullanılarak toplam nükleik asit (hem DNA hem de RNA dahil) ekstrakte edilir.

Ters transkripsiyon (anahtar adım): Ekstrakte edilen toplam nükleik aside, tüm RNA'yı (hem insan hem de patojenik) tamamlayıcı DNA'ya (cDNA) ters transkribe etmek için ters transkriptaz eklenir.

Dizileme Kütüphanesi Oluşturma: Bu noktada, numunedeki tüm genetik materyal DNA'ya (orijinal DNA + RNA'dan ters transkribe edilmiş cDNA) dönüştürülür. Bu DNA daha sonra parçalanır, adaptör eklenir ve dizilemeye hazır bir kütüphane oluşturmak için evrensel bir kütüphane oluşturma kiti kullanılarak işlenir.

Yüksek Verimli Dizileme ve Biyoenformatik Analiz: Kütüphanenin yüksek verimli dizilenmesinden sonra, üretilen büyük miktarda veri özel biyoenformatik boru hatlarından geçer:

İnsan Sekansı Kaldırma: İnsan genomuna ait diziler hizalanır ve veri hacmini azaltmak ve analitik duyarlılığı artırmak için filtrelenir.

Taksonomik Karşılaştırma: Kalan diziler, çok çeşitli patojenik mikroorganizmalar (bakteriler, DNA virüsleri, RNA virüsleri, mantarlar, parazitler ve daha fazlası dahil) veritabanıyla karşılaştırılır.

Rapor Oluşturma: Tespit edilen tüm şüpheli patojenleri (DNA ve RNA virüsleri dahil) listeleyen ve ilgili okuma sayısı bilgilerini sağlayan bir rapor oluşturulur.

2. DNA/RNA Birlikte Testinin Önemli Avantajları

Geniş spektrumlu ve Hipotezden Bağımsız: Önceden belirtilen patojenlere gerek kalmadan, tek bir test, bilinmeyen, nadir ve ortaya çıkan virüsler (örneğin, SARS-CoV-2 ve bu teknoloji aracılığıyla keşfedilen yeni Bunyavirüsler) dahil olmak üzere bir numunedeki tüm potansiyel patojenleri tarayabilir.

Verimli ve Kapsamlı: Tek bir test, neredeyse tüm patojenleri kapsayabilir ve özellikle kritik derecede hasta, teşhisi zor, karışık enfeksiyonlu ve immün yetmezliği olan hastalarda hızlı etiyoloji teşhisi için uygun hale getirir, zaman alan, geleneksel "tek tek" test sürecinden kaçınır.

Beklenmedik Patojenlerin Keşfi: Daha önce klinik olarak dikkate alınmayan patojenler genellikle keşfedilebilir ve yeni teşhis içgörüleri sağlar.

3. Ana Uygulama Senaryoları

Bu teknoloji genellikle ilk tercih değildir, ancak geleneksel yöntemlerin nedeni net olarak belirleyemediği durumlarda önemli bir rol oynar:

Bilinmeyen Kökenli Ateş (FUO)

Bilinmeyen kökenli intrakraniyal enfeksiyon (menenjit, ensefalit gibi)

Bilinmeyen kökenli pnömoni (özellikle kritik derecede hasta ve immün yetmezliği olan hastalarda)

Septik şokun etiyolojik tanısı

Fırsatçı enfeksiyonların tanısı

4. Sınırlamalar

Yüksek Maliyet: Dizileme ve veri analizi pahalıdır.

Yüksek Teknik Gereksinimler: Son derece yüksek laboratuvar donanımı, operasyonel prosedürler ve biyoenformatik analiz yetenekleri gerektirir.

Kolonizasyon ve enfeksiyonu ayırt etme zorluğu: Bir mikrobiyal sekansın tespiti, bunun suçlu olduğunu garanti etmez; klinisyenler, hastanın semptomlarına, bulgularına ve diğer test sonuçlarına göre kapsamlı bir değerlendirme yapmalıdır.

Duyarlılık Sorunları: Düşük patojen yüküne sahip bazı numuneler tespit edilemeyebilir.

Özetle, mNGS teknolojisi, "ters transkripsiyon" ana adımı aracılığıyla, hem DNA hem de RNA patojenlerinin aynı anda tespitini başarıyla sağlar. Zor ve kritik enfeksiyonların teşhisinde yeri doldurulamaz bir rol oynayan ve modern tıbbi teşhis teknolojisinde önemli bir gelişme olan güçlü ve tarafsız bir patojen tarama aracıdır.